وبعد توقيع هذه العهده دخل عمر بن الخطاب وقد طاف مع البطريرك يتفقد المدينه وحدث انه حان وقت صلاته وهو فى كنيسه القيامه طلب ان يخرج خارجا ليصلى فقال البطريرك له : لم لم تصلى داخل الكنيسه ؟ فأجاب عمر : حبا بالنصارى لئلا يأتى المسلمون بعدى فيصلون حيث صليت وياخذون منهم الكنيسه بداعى صلاتى فيها فإختار مكاناً آخر إلى جنوب كنيسة القيامة على درج كنيسه القديس قنسطنطين , وصلى هناك , وبنى المسلمين هناك المسجد العمرى.
ويقال أنه أراه البطريرك مكان خرائب هيكل سليمان بن داود المدمره , وكانت قد تجمعت فيه الأقذار منذ أيام قسطنطين ( 325م ) فقام بتنظيفه وحذا أصحابه وجيشه حذوه فبرزت الصخره , فصلى هناك وبنى المسلمون فيه جامعهم المعروف الآن بالمسجد الأقصى وكان ماده بناؤه أول ما صنع من الخشب ( 639 م )

كان هرقل قد فعل الفحشاء لأنه تزوج من أبنه أخيه مرتينه وأنجب منها ولدا وأمر فى وصيته أن يحكم أبنه منها مع أبنه الآخر قسطنطين من زوجته الشرعيه فإهتزت صورته أمام شعبه وجيشه وإلهه والكنيسه كانت ضد ما فعله ففقد بذلك مركزه كقائد ومثلا يقتدى به شعبه . وعندما هاجم العرب سوريا ، جمع هرقل الحاميات من المدن والبلاد وسلم قياده هذا الجيش الى أخيه توادروس وبعد مناوشات بين الجيشين حدثت حرب بينهما فى واقعه تسمى بواقعه اليرموك بالقرب من دمشق ، وإنتصر العرب فى المعركه وأصبحت الأرض امامهم ممهده للإستيلاء عليها خاصه بعد خلوها من الحاميات التى أخذها هرقل لتكوين جيشه ، وكان عدد العرب خمسه وأربعين ألفا ، وفى هذه الأثناء توفى ابى بكر ، وتولى الخلافه عمر بن الخطاب ولقب بإسم جديد هو أمير المؤمنين لأول مره ، وإستمر حصار العرب لدمشق 70 يوما إلى أن فتحت لهم أبوابها بلا قتال ولما وجد هرقل ان جيشه هزم فجمع جيشا من أوربا وسلم قيادته الى عمانوئيل وكان له مساعدا أميرا عربيا إسمه جبله ، وتقدم الجيش البيزنطى قاصدا سوريا وعسكر على شاطئ نهر اليرموك وإلتقى جيش أبى عبيده بجيش الروم ودارت الحرب بينهما وإستمرت الحرب مشتعله لمده ثلاثه أيام ولم يستطع أى من الجيشين أن يجنى ثمار النصر ، وحدث أن بعض جنود الروم دخلوا بيت رجل مسيحى غنى وإغتصبوا إمرأته ولما صرخ طفلها الصغير مستغيثا ومنزعجا من رؤيته هجوم الجنود وصراع امهم معهم قطعوا راسه ، فاخذت المرأه رأس طفلها الى قائد الجيش البيزنطى ( الروم ) تسأله معاقبه القتله فلم يسمع لشكواها ، أما زوجها فقد أخبر الروم أخبار كاذبه عن العرب وكشف لأبى عبيده أسرار الروم وبإنتقام الرجل إنتصر العرب وظفروا بالروم .