وورث البابا يوساب الـ 115 مشكلة أثيوبيا حيث أنهم طلبوا من البابا مكاريوس السابق رسامة ثلاثة أساقفة أثيوبيين مطرانين أثيوبيين مساعدين للمطران المصرى بحيث أن يحل أحدهما محل الأنبا كيرلس المطران المصرى فى حالة إنتقاله للسماء ويحل المطران الآخر فى حالة إنتقال المطران الأثيوبى قبل المطران المصرى ولكن قام الأنبا كيرلس المطران المصرى بأثيوبيا بإرسال رسالة سرية للبابا يوساب الثانى فأطلع القمص أبراهيم لوقا وكيل البطريركية عليها  والذى لم يحفظ سرية الأمانة الموضوعه على عاتقه فأفشى سر الرساله وأطلع إبراهيم المنياوى باشا سكرتير المجلس الملى الذى سرعان ما نشر الرسالة فى الجرائد فتدهورت العلاقة بين الكنيسة القبطية والأثيوبية ولكن شاء الرب أن يتنيح البابا مكاريوس ولكن ظلت مشكلة أثيوبيا بلا حل .

وجلس البابا يوساب الثانى على الكرسى الأسكندرى وخلال الشهور الأولى من باباويته قام الأمبراطور هيلاسيلاسى بإرسال الرسائل ورد عليه البابا يدوره تمهيداً لأستئناف المفاوضات للوصول إلى حل يرضى الطرفين وخاصة أن رسامة هذا الكم من الأساقفة الأثيوبيين مع الأساقفة السابقين يمكنه رسامة مطران رئيساً لأثيوبيا وأساقفه وكهنة بدون الرجوع للكرسى الأسكندرى  وسرعة إنفصال الكنيسة الأثيوبية عن الأم، وقد تدخلت الحكومة المصرية سعياً لحل الخلافات وصوناً للعلاقة بين الكنيستين وتوثيق الروابط بين البلدين .

وفى شهر مايو وفى خلال هذه المفاوضات أرسل الأنبا كيرلس المطران القبطى لأثيوبيا 1946 م مذكرة إلى البابا يوساب وإلى الآباء المطارنة مذكرة كان أهم ما فيها هو : ... ... تقرر أخيراً رسامة خمسة أساقفة أثيوبيين وأثنين مصريين فهل نتأكد من إخلاص وعقيدة  الرهبان الذى جاءوكم لرسامتهم؟ وهل لاحظتم القرار الذى صدر فى عهد المتنيح البابا مكاريوس بخصوصهم أنه ينبغى إختيارهم من رهبان الأديرة الخارجية عن أديس أبابا بإستمرار حتى لا يكون قد تأثروا بالمؤثرات الدخيلة؟ فإن من بين الذين حضروا من يقطن أديس أبابا بإستمرار وهو ملكتو - علاوة على أنه مرسوم بيد الأسقف الذى أقامه الطلبان ومن قواد الحركة الإنفصالية ... .. كان قد تقرر أيضاً أن يختار الرهبان بموافقة الأمبراطور والإمبراطورة - فهل جاءتكم هذه الموافقة ؟ ... ويفكر البعض فى أن يكون هناك قائمقام مطران - فما هو إحتصاصه أثناء وجود المطران أو فى أثناء غيابه ؟ وبأى رتبة سيكون ؟ وما هى صلته بالأساقفة وصلته بالمطران؟ ومن أى جنس سيكون؟ كل هذا يحتاج إلى نفكير ناضج!!

ولى ثقة عظمى فى كبر همتكم وأن تفكروا فى هذه الأشياء وفى غيرها لنؤدى واجبنا على أكمل وجه من ناحية أبنتنا أثيوبيا ، ولنحافظ على التراث الذى تركه لنا الأجداد لنسلمه لا ناقصا بل كاملاً .. وإلى الأحفاد .