مرض البابا شنودة يرجع إلى سنوات رهبنته في دير السريان خلال الفترة من عام 1954 إلى 1961، بسبب إصراره على العزلة وإقامته في مغارة ضيقة خارج الدير والنوم على الزلط والرمل، بالإضافة إلى تأدية تدريبات قاسية للسجود أثناء الصلاة.
وسبق له أن سافر لألمانيا عام 2003 لعلاج فقرات العمود الفقري، إلا أنه رفض آنذاك إجراء أية عملية جراحية، مفضلاً الخضوع للعلاج الطبيعي بسبب تقدمه في السن.. وفي عام 2004 أجرى البابا في الولايات المتحدة جراحة ناجحة بعينه اليمنى، ثم اضطر بعدها بشهر لإجراء جراحة أخرى بالعين اليسرى إثر إصابته بمياه زرقاء في العينين.
وفي أواخر صيف 2005، أجرى البابا جراحة أخرى في عينه نتيجة إصابته بمياه بيضاء، وهي العملية التي تأجلت لأسباب سياسية، بسبب اضطراره للعودة إلى مصر بعد إجراء الفحوص للمشاركة في انتخابات الرئاسة المصرية وإعلان تأييده للرئيس مبارك.
وقام بثلاث رحلات علاجية إلى الولايات المتحدة في يوليو وأغسطس وأكتوبر ونوفمبر من العام قبل الماضي،