لم يكن  دير الأنبا بيشوى أسعد حالاً من باقى الأديرة القبطية عندما جلس قداسة البابا شنودة الثالث على كرسى مرقس الرسول فقد كان به ستة رهبان فقط ومعظمهم كبار فى السن ويحتاجون لمن يرعاهم ، ولم يكن دير الأنبا بيشوى يملك سوى 106 فدان فقط  بكفر الدوار وكانت حديقة الدير فدان واحد فقط ، وكان الدير يملك حماراً واحداً لشراء طلبات الدير !!

وبدأ عهداً جديداً من العمل ببداية عهد البابا شنودة الثالث الـ117 فى سنة 1972 م وبدأت الأرض تعطى ثمرها وبدأت المبانى والإنشاءات تعلوا على أرض الدير

+ بدأ العمل ببيت الخلوة الذى خصص إقامة الكهنة الجدد الذين يمكثون فترة خلوة روحية (حوالى 40 يوما) فى دير الأنبا بيشوى لتعليم الألحان والطقوس والعقائد وغيرها قبل ممارسة الخدمة فى الكنيسة وقد كلف البابا شنودة القس أرسانيوس ليكون أول مشرف لبيت الخلوة للإشراف الروحى والإدارى على إعداد الكهنة الجدد قبل ممارسة عملهم وكان القس أرسانيوس يعمل مهندساً فى أمريكا ولكنه فضل حياة الرهبنة وترهب بالدير فى 5/5/1974م (اصبح القس أرسانيوس اسقفاً لبورسعيد بإسم الأنبا تادرس . 

+ ولما كان المبنى القديم من دور واحد ويحتاج إلى ترميم فقرر البابا شنودة هدم المبنى وإقامة مبنى جديد من عدة أدوار وحدث أن بعد أن تم هدم المبنى أكتشف تحته بئر أثرى يرجع للقرن الخامس الميلادى ويقال انه هذا البئر غسل البربر المهاجمين للدير سيوفهم من الدماء بعد أن قتلوا 49 شهيداً راهباً من شيوخ برية شيهيت

+ ويتكون مبنى الضيافة من أربعة أدوار ، خصص الطابق الأول كصالة كبيرة إستقبال كبار الزوار وبه دورات مياة للرجال والسيدات والدور الأول العلوى به مكتبة وصيدلية الخاصة بالدير ، والدورين الثانى والثالث عبارة عن حجرات للضيافة والبيت ملحق به مطبخ ودورات مياة وصالة للطعام .

والدير الرابع مخصص لسكن أسقف الدير

وبأعلى المبنى صهريج المياة يمد الدير بالمياة ومنارة عالية عليها صليب كبير يضاء ليلاً فى الأعياد وجرس كبير ، وقد إنتهى من بناء الإستراحة فى سنة 1975م