إلا أن البابا رفض القرار وتقدم بالتظلم عليه أمام لجنة التظلمات بإدارة التنسيق الحضاري إلا أن اللجنة رفضت التظلم الأمر الذي جعل البابا شنودة يلجأ إلى القضاء الإداري للطعن على القرار والتظلم، البابا لفت في دعواه إلا أن لجنة حصر العقارات المميزة لم تتبع الإجراءات المنصوص عليها في القانون رقم 144 لسنة 2006 بشأن تنظيم هدم المبانى والمنشآت غير الآيلة للسقوط والحفاظ على التراث المعماري مضيفا أن اللجنة لم تدون في السجلات البيانات الخاصة بالعقار سواء "موقع المبنى بالتفصيل – مكوناته – اسم مالكه – حالته القانونية – استخدام المبنى ووظيفته – نوعية الإنشاء – الحالة الانشائية للمبنى – العناصر والأجزاء التي تستوجب الحفاظ عليها ولم تدعم السجلات بالصور الفوتوغرافية للمبنى".
شنودة شدد على أن فيلته لا تمثل طرازا معماريا متميز خاصة وأن قرار لجنة الحصر لم يحدد أي طراز يتبع العقار مضيفا أن فيلته لم ترتبط بالتاريخ القومي أو بشخصية تاريخية ولا تمثل حقبة تاريخية معينة وشدد على أن العقار مضى على بنائه أكثر من 80 عاما وأصبحت حالته لا تتحمل لمرور وقت طويل على بنائه.