مؤسس كنيسة السيدة العذراء بالزيتون خليل بك إبراهيم لم يكن بالزيتون كنيسة ففكَّر اقباط الحى عام ١٩٢٤م في بناء كنيسة فلجأوا إلى المرحوم خليل إبراهيم وكان من الاراخنة الميسورين فطلبوا منه التبرع بقطعة أرض لبناء الكنيسة فوعدهم بذلك وبدأوا فى جمع التبرعات ولكن كان خليل بك قد توفى فتقدم الأقباط بما جمعوه الى نجلة توفيق وكان المبلغ ٤٥٠ جنيهاً فاعتذر عن قبول المبلغ وقال للمجتمعين إن والده كان ينوى بناء الكنيسة على نفقته الخاصة فألتزم نيابة عنة فى تنفيذ رغبتة واتفق توفيق بك مع مهندس يدعى ليمون جيللى لكي يصنع تصميم للكنيسة على نسق كنيسة أجيا صوفيا باسطنبول كما تم احضر خصيصا فنانين من ايطاليا لرسم لتزيين الكنيسة ورسم الايقونات وتم بالفعل بناء الكنيسة سنة ١٩٢٥م وقام بتدشينها المطوب الذكر المتنيح الأنبا أثناسيوس مطران بنى سويف ورسامة اول كاهن للكنيسة وهو ابونا دانيال مسيحة وبمناسبة إحتفال الكنيسة باليوبيل الذهبي لظهور السيدة العذراء فوق قباب كنيستها بالزيتون نتذكر مؤسس الكنيسة المرحوم خليل بك إبراهيم ليكن ذكره للأبد.