ترتيب السور فى قرآن أبى يتبع مبدأ نرنيب السور فى قرآن عثمان بن عفان أى أن الأثنين يتبعان ترتيب السور من الأكبر للأصغر وذلك رغم وجود إختلافات كثيرة وكبيرة

وفى قوائم الترتيب فى القرآنين تكن القائمتين أكثر تلاقياً وتقارباً فى البداية وفى النهاية منه أكثر من الجزء ألأوسط

وتظهر قائمة ترتيب السور فى قرآن أبى الذى ذكرت فى الفهرست تطابقا تاماً مع ترتيب السور فى قرآن عثمان بن عفان فى المواضع الـ 16 التالية : -

1) سورة ألأنعام 6 ألأعراف 7 (2)  الأنفال -8 التوبة 9 (3) طه 20 - الأنبياء 21 (4) الصافات 37 - ص 38 (5) الحديد 57 - المجادلة 58 (6) الرحمن 55 - الواقعة 56 (7) القلم 68 - الحاقة 69 (8) الحشر 59 - الممتحنة 60 (9) المراسلات 77 - النبأ 78 (10) النازعات 79 -  عبس 80 (11) المطففين 83 - الإنشقاق 84 (12) التين 95 - العلق 96 (13) البروج 85 - الطارق 86 - الأعلى 87 - الغاشية 88 (14) الزلزلة 99 - العاديات 100 - (15) الكافرون 109 - النصر 110 - المسد 111 (16) الإخلاص 112 - الفلق 113 - الناس 114

بينما قائمة ترتيب السور فى قرآن أبى التى ذكرها كتاب الإتقان تغيب بها سور المائدة 5 والأنعام 6 والأعراف 7 والأنفال 8 لتظهر مكانها خمس سور أخرى وهى سور الفاتحة 1 البقرة 2 و المزمل 73 والمدثر 74 والضحى 93 والشرح 94 والقارعة 101 التكاثر 102 العصر 103 الفيل 105 قريش 106 الماعون 107 الكوثر 108

وثمة تطابق أيضاً بين القائمة الواردة فى الفهرست وقائمة الإتقان فى ترتيبهما بسورة الخلع وسورة الحفد التى يسميعما البعض بصلوات القنوت وتأتى فيهما هاتين السورتين بين سورة العصر 103 والهمزة 104